NCBI_submission

测序数据上传到NCBI的SRA数据库;
上传首页:https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/
上传整体顺序为:BioProject,BioSample,SRA
需要注意的是,上传的过程中很多地方一旦保存或提交就不可以修改,尤其是各处的Alias,所以想清楚后再保存,可先看下别人的数据提交形式;确实需要修改的可以发邮件联系NCBI的工作人员修改内容。

1. BioProject

1> 点击进入BioProject主页
2> 点击New submission

3>依次填写信息,最后保存即可。

2. BioSample

1> 点击进入BioSample主页
2> 点击New submission
3>依次填写信息,最后保存即可。
根据实际情况选择合适的批处理,若为植物样本,选择下载Plant.1.0.txt文件,填写相应信息;
若现有sample1 and sample2两个实验处理,其各为3次生物学重复的双端RNA-seq数据,即sample1-1,sample1-2,sample1-3,sample2-1,sample2-2,sample2-3,此时的Plant.1.0.txt文件内容如下(文件中其他内容根据实际情况选择填写),即生物学重复划分在同一个SAMPLE的不同RUN下
| sample_name | bioproject_accession |
| ——————- |:——————-:|
| sample1 | PRJNAxxxxxx |
| sample2 | PRJNAxxxxxx |

3. SRA

1> 点击进入SRA主页
2> 点击Create new submission
3>依次填写信息,最后保存即可。

4. 数据上传

Linux下建议用Aspera上传;首先给sra工作人员发邮件要private SSH key文件;

1
/software/.aspera/connect/bin/ascp -i sra-8.ssh.priv -QT -l100m -k1 sample1_1.fastq.gz asp-sra@upload.ncbi.nlm.nih.gov:incoming

注:命令只能在登录节点上联网运行;
详细参数解释和其他上传方法见:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/docs/submitfiles/

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