在转录组数据处理过程中我们经常会用到差异表达分析这一概念，通过比较不同处理或不同组织间基因表达量(FPKM)差异来寻找特异基因，但这前提是你的不同处理或不同组织样本较少，当不同处理或组织有较多样本，如40个，此时的两两比较有780组比较^_^,这根本不是我们想要的结果；
常用生物信息在线工具
声明：本文所列工具均为较为初级的生物信息分析，只用于简单的分析过程，更加优秀的工具和准确的分析结果我也在不懈寻找中，同样也欢迎大家留言提供，一个分析结果最好是能够综合不同方式所得结果。
植物单细胞转录组数据库PsctH
作为所有生物体的基本组成部分，细胞在维持生命活动中起着至关重要的作用，而作为细胞异质性研究的重要工具，近年来单细胞转录组测序技术蓬勃发展，促使生物学研究进入单细胞水平的时代。然而，在植物学领域，单细胞的研究仍处于起步阶段，可用资源非常有限，且单细胞悬浮液（即原生质悬浮液）的制备和细胞簇的注释仍然是阻碍其研究的两大主要障碍。
近日，知名期刊Plant Biotechnology Journal在线发表了华中农业大学棉花遗传改良团队金双侠教授团队的篇题为《Plant Single Cell Transcriptome Hub (PsctH): an integrated online tool to explore the plant single-cell transcriptome landscape》论文，开发了植物单细胞转录组综合数据库PsctH，提供综合全面的单细胞Marker基因资源和单细胞研究的workflow。
Nature Methods | 多伦多大学通过优化KRAB来提高CRISPRi对靶基因的沉默效果
CRISPRi 简介
CRISPR-Cas9系统的简约和高效使其迅速成为生命科学实验室的新宠。近来，CRISPR-Cas9工具箱已经大大扩展，新增了CRISPRi和CRISPRa这两种工具。其中催化失活的Cas9（dCas9）在靶向启动子区域时会由于转录机制的空间位阻效应而导致基因表达的抑制。若将dCas9与阻遏结构域【如Krüppel-associated box (KRAB)】融合，则能实现高效的转录沉默。这个过程被称为CRISPRi（CRISPR干扰）。由于DNA没有任何变化，故CRISPRi实现了可逆的knockdown，而不是knockout。同理，与转录激活因子（如VP64和p65）融合的dCas9可靶向启动子和增强子区域来激活基因表达，导致基因表达上调，这被称为CRISPRa（CRISPR激活）（图1）。
图1. dCas9介导的基因调控系统。(Cell. 2013 Jul 18; 154(2): 442–451)
Nature Communications---“香料之王”染色体级参考基因组揭秘
胡椒（Piper nigrum，2n = 52）是木兰亚纲（Magnoliids）胡椒目（Piperales）胡椒科（Piperaceae）胡椒属（Piper）的常绿热带藤本植物，是世界范围内使用历史最悠久的香料，素有“香料之王”的美誉。在中世纪的欧洲，胡椒是社会地位和财富的象征，甚至价格要高于金银可作为货币流通，价比黄金。历史上，西哥特人入侵罗马、十字军东征、新航路的开辟等重要事件与胡椒资源和贸易权的争夺有着密切联系，胡椒被认为是古代促进东西方文化交流的重要商品。在古代，胡椒贸易路线的拓展促成了新航路开辟、地理大发现等重要历史事件。如今，海南岛是我国胡椒种植的主要地区，占全国产量的95%以上，已发展成为关系到上百万热区百姓收入的重要热作产业。中国热带农业科学院香料饮料研究所位於海南省东南部万宁市兴隆华侨旅遊经济区，主要承担胡椒、咖啡、可可等热带香料饮料作物的科学研究和产业化配套技术研发任务。
NC | 苹果蠹蛾基因组测序揭示其化学感觉和杀虫剂抗性机制
苹果蠹蛾(Cydia pomonella)，俗称食心虫，属鳞翅目卷蛾科。在我国仅分布于新疆、甘肃等北部地区，在国内其他地区是检疫对象。苹果蠹蛾可为害苹果、梨、杏、桃、樱桃及梅等果树。苹果蠢蛾幼虫蛀食果实，不仅降低果品质量，而且引起大量落果。成虫产卵于果实或者叶片上，卵散产，前期果实较硬时，初孵幼虫多从萼洼或梗洼蛀入，后期果实肉质松软时，从果面蛀入，幼虫蛀果后有偏食种子的习性，并向外排出虫粪。几头幼虫能同时蛀食1个果实，1头幼虫也可转移2个以上果实为害。老熟幼虫脱果后由枝干爬向树皮下作茧化蛹。苹果蠹蛾会蛀入果心，啃食种子。对苹果等经济果树造成较大的经济损失。
Docker和Singularity双剑合璧构建生物信息分析流
使用场景
容器作为轻量级的虚拟机，可在主机之外提供多种系统环境选择；另外，在容器中一次打包好软件及相关依赖环境之后，即可将复杂的软件环境在各种平台上无缝运行，无需重复多次配置，大大减轻相关工作人员的工作量；
目前主流的容器为docker，其最初被用于软件产品需要快速迭代的互联网行业，极大地简化了系统部署、提高了硬件资源的利用率，近来也在各种特定领域的应用系统中被使用。
Docker 是一个开源的应用容器引擎，基于 Go 语言，并遵从Apache2.0协议开源。
Docker 可以让开发者打包他们的应用以及依赖包到一个轻量级、可移植的容器中，然后发布到任何流行的 Linux 机器上，也可以实现虚拟化。
容器是完全使用沙箱机制，相互之间不会有任何接口（类似 iPhone 的 app）,更重要的是容器性能开销极低。
