为期3天2016全国植物生物学大会报告有感


由武大主办的为期3天的2016全国植物生物学大会于2016年10月10号在欧亚达国际酒店召开,有这些大牛云集助阵,会议质量也不枉费1500¥;


会议涉及到植物激素,逆境,发育,表观遗传,基因组,代谢等,有植物生物学中的研究热点,也有部分看似较冷,但很有意思,有基础研究,也有接近生活,涉及范围之广也让我见识到前所未有的一些全新内容;
能听/看到以前在百度看到的那些大牛讲报告,感受下他们的气场,也算是一种荣幸;
会议内容很精彩,ppt也很漂亮,真想要得到他们的全部ppt看看……~……
部分我能记得的,比较新颖的内总简单总结下。

DNA甲基化动态平衡

朱健康院士的报告,内容自然很精彩了;

水稻白金级基因组

张启发院士与汕优63年的苦恋,为解析珍汕97A与明恢63杂交组合的优势所在特打造白金级基因组,为水稻的研究提供基因组指导。


四倍体棉花进化


南京农业大学的张天真教授在文章Integrated mapping and characterization of the gene underlying the okra leaf trait in Gossypium hirsutum L中通过叶形来讲述的四倍体棉花经历多次杂交的进化过程。

棉花纤维发育

华中农业大学的张献龙教授讲述了调控纤维发育的表观调控过程。

比较代谢组学

华中农业大学的罗杰教授无疑的目前国际上做植物代谢的大牛级人物,独创的水稻和玉米比较代谢组,利用水稻定位区间的高效应(曼哈顿图中大于阀值的显著位点)但低分辨率(一个定位区间有好几个基因)与玉米低效应但高精度(定位区间基因较少,甚至是单基因)的互补,通过比较共线性定位区间的互补来解析控制代谢物基因。

图注:Co-linear genomic regions and homologous loci (or genes) of di-C, C-pentosyl-apigenin between rice grains and maize kernels.
详细内容见NC文章:Comparative and parallel genome-wide association studies for metabolic and agronomic traits in cereals

植物单细胞测序

华中农业大学的严建兵教授2015年NC文章Dissecting meiotic recombination based on tetrad analysis by single-microspore sequencing in maize开创了植物中单细胞测序的先河,通过分离四分体时期的单细胞并测序在玉米中研究遗传重组过程,发现在玉米中基因的3’和5’端UTR是重组热区;重组的发生存在染色体和染色单体干涉;非重组的交换(NCO)远大于重组交换(CO)

PPR蛋白

PPR(pentatricopeptide repeat)蛋白是广泛分布于各类生物当中一大类蛋白家族,在高等植物叶绿体和线粒体当中尤其种类丰富,比如拟南芥和玉米中各有四百多种PPR蛋白。PPR蛋白对单链RNA具有序列特异性识别模式,与RNA的转录、剪切、编辑、和稳定性等过程都密切相关。
PPR蛋白的RNA结合模式与已知的RNA结合蛋白均不同。PPR蛋白由多个PPR重复单元组成,大多数情况下,一个经典的PPR重复单元含有35个氨基酸,每一个重复单元可以特异性地识别一个RNA碱基。

水稻中的重金属代谢

南京农业大学的赵方杰教授主要从事水稻中重金属铬和砷的研究,之前听过一个华裔日本人讲过他在水稻重金属中的工作,当时听了感觉这样的研究很有意义,听到国内也有人做这方面的工作还是很欣慰的,他讲述了中国水稻与重金属一个掺不忍睹的画面,比如取样湖南,xx%超标,xx%严重超标,害怕查水表就不爆数字了。
那么水稻中为什么会有这么多的重金属积累?除了与水污染,化肥的过度使用外也与水稻自身的特性有重要关系。水稻中含量最高的元素是si,大约占60%(如果我没记错的话),同时水稻生长在淹水的环境中,根系周围的重金属砷氧化呈三价态砷,而三价砷与si结构极为相似,水稻在对si吸收旺盛的同时也吸收了大量三价砷,旱稻则不存在这种问题;其次在土壤微生物的作用下砷可以甲基化成二甲基砷(DMA)被水稻根系吸收,引起水稻病害,赵教授的研究团队也发现了在这种土壤中同样存在另一种微生物可以将甲基化的DMA去甲基化。

Alernative polyadenylation

Mechanisms and consequences of alternative polyadenylation
这是我们传统教科书上关于成熟mRNA的认识,标准的5’帽子和3’ Poly(A)尾巴。

但是,来自厦门大学环境与生态学院的李庆顺教授告诉我们:原来这个3’ Poly(A)尾巴也存在选择性,对于单个基因,它可以选择在转录子的不同位置加Poly(A)尾巴从而产生长短不一的转录本,对转录本的功能如编码功能、稳定性、可翻译性等都产生重要影响,在转录水平极大的提高了基因转录调控的多样性。
在mRNA中存在70%选择性Poly(A)位点,Poly(A)可以加到5’和3’端,也可以加到内含子区(这就涉及到内含子的剪切和加A,内含子被剪切后进行加A),若加到5’端则基因失去功能;
同时,如下,在一个成熟mRNA的3’UTR区存在有较多的特异位点:
推荐一篇文章:Alternative polyadenylation of mRNA precursors

解决PacBio数据分析耗时问题

深圳农业基因所的阮珏教授正在开发的wtdbg软件,其目标在于大幅度降低现有软件对PacBio数据组装的高配置和耗时长的缺陷。

昆虫与植物的分子互作



tiramisutes wechat
欢迎关注