非root用户interproscan的安装和使用

InterProScan常用于基因序列的功能注释,InterPro**是一个包含有蛋白质功能和家族等的数据库,而InterProScan的功能就是将我们的目标序列比对到这个数据库,从而了解其功能。


关于InterProScan的功能和安装过程以及基本的配置要求官网提供了非常详细的InterProScan wiki,这里就不做细述。
但通常我们面临的问题是权限,比如python的版本问题,我的集群python是2.6,我也在自己家目录下正确安装有python2.7,但系统默认的是2.6,首先如何修改/usr/bin/python目录下python使其默认为自己安装的2.7。
最简单的就是用alias:

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alias python='~/bin/Python-2.7.10/Python/bin/python2.7'

但是当所运行软件是调用系统默认python时,上面方法就失效了。
那么为什么非要修改系统默认版本呢?当需要python时直接指定就可以,是的,python编写的软件可以通过python2.7 软件这样的方式运行,但InterProScan的运行主程序 interproscan.sh并不是python写的,好在有一个专属的配置文件interproscan.properties,可设置软件和数据库路径。
所以,解决非root用户interproscan使用时python版本问题的方法就是添加 python.command=/path/to/python2.7到配置文件。

Pre-calculated Match Lookup Service

软件会联网搜寻并匹配EBI数据库来获得准确结果,当服务器不能联网时可选取如下解决办法:
1>Download and install the InterProScan 5 lookup service.
2>用-dp参数来关掉此功能.
3>用#号注释掉interproscan.properties文件中的precalculated.match.lookup.service.url=http://www.ebi.ac.uk/interpro/match-lookup行。

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