RNA-seq 分析是我当年入门生信的敲门砖,有参/无参的分析,当然还有现在升级的基于PacBio全长转录组的Illumina RNA-seq分析;
测序样本的重复性很重要,但总是能接到一些无重复的样本,对于他们的分析就没有像三次重复那么的顺手和多选择;
学IGV必看的初级教程
Integrative Genomics Viewer (IGV)作为一个高性能的可视化工具,可以交互式的察看综合的基因组相关数据,也友好的支持多种数据类型,自然是生信工作者必须使用的利器之一。官网也提供了很详细的使用讲解,这里仅是根据我目前需要学习摘录部分做的整理,后面有时间在做其他整理。
RNAi介导的抗虫效应
在植物中表达dsRNA来达到抗虫的策略起始于陈晓亚院士的棉花中表达棉铃虫细胞色素单氧酶P450基因(CYP6AE14 )的dsRNA ,削弱幼虫对棉酚抗性【Silencing a cotton bollworm P450 monooxygenase gene by plant-mediated RNAi impairs larval tolerance of gossypol】,之后不同学者将其运用于实验中(【A transgenic strategy for controlling plant bugs (Adelphocoris suturalis) through expression of double-stranded RNA homologous to fatty acyl-coenzyme A reductase in cotton】)。
单细胞扩增之:LIANTI
之前我们也了解过Single Cell 全基因组扩增过程,最近北大的谢老师又重新刷新了单细胞全基因组扩增的新高度:Single-cell whole-genome analyses by Linear Amplification via Transposon Insertion (LIANTI),下面对本文做简单的解读?