测序技术的发展普及极快的促进了基因组学的研究进展，如果说DNA sequencing at 40: past, present and future呈现给我们的是气势磅礴的DNA测序技术，那“拟南芥1001基因组计划”（http://1001genomes.org ）就是这雄伟蓝图中的冰山一角，自2008年启动伊始，这一角却撬动了生命科学研究的步伐，加速了人类对基因功能，物种多样性的认知。2016年1135 个拟南芥基因组全基因组序列分析论文的发表，宣告了 1001 基因组计划项目第一阶段的结束，然而基于基因组的拟南芥相关研究却从未止步。
分子生物学 or 生物信息学, that's a question
分子生物学（Molecular biology）是对生物在分子层次上的研究，是生物学和化学之间跨学科的研究，其研究领域涵盖了遗传学、生物化学和生物物理学等学科。分子生物学主要致力于对细胞中不同系统之间相互作用的理解，包括DNA，RNA和蛋白质生物合成之间的关系以及了解它们之间的相互作用是如何被调控的。 在我们的研究中主要涉及基因功能和代谢通路解析；
生物信息学（Bioinformatics)利用应用数学、信息学、统计学和计算机科学的方法研究生物学的问题。生物信息学的研究材料和结果就是各种各样的生物学数据，其研究工具是计算机，研究方法包括对生物学数据的搜索（收集和筛选）、处理（编辑、整理、管理和显示）及利用（计算、模拟）。当前主要的研究方向有：序列比对、序列组装、基因识别、基因重组、蛋白质结构预测、基因表达、蛋白质反应的预测，以及创建进化模型。
自迈克尔·沃特曼（Michael Waterman）率先将数学和计算方法引入生物学研究开始，如今这门交叉学科作为后起之秀正逐渐渗透到生物学研究的多个领域，21世纪是生命科学的世纪，但也是一个信息化的时代，如果做分子的不懂生信，做生信的不懂分子，如何让自己走的更远？
工欲善其事，必先利其器，各行各业都有其不二法宝，科研工作亦当如此；
Nature Communications | 苹果为什么那么红
研究表明，苹果的祖先原是灌木，大约6000万年前地球遭遇巨型陨石袭击时，大量灰尘被推入大气层中，遮蔽了阳光，降低了植物的光合作用，进而对全球各地的生态系统造成毁灭性的影响，令地球上的大部分生物包括恐龙灭绝，而苹果的祖先却死里逃生，通过进化获得了新生。
苹果、葡萄、柑桔和香蕉并称为世界四大水果，而苹果更是四大水果之冠。“一天一个苹果”是人们熟知的健康口号。自19世纪起威尔士就有俗语说明苹果和健康的关系：“一天一苹果，医生远离我”（An apple a day keeps the doctor away）。
的确，苹果含有丰富的糖类、有机酸、纤维素、维生素、矿物质、多酚及黄酮类营养物质，被科学家称为“全方位的健康水果”。依照美国农业部的数据，一份约重242克的苹果热量为126卡，含有大量的膳食纤维及维他命C。苹果皮中含有许多不确定营养价值的植物化学成分，在体外实验中可能有抗氧化作用。苹果中含有槲皮素、儿茶素及原花色素B2等酚类物质。【维基百科：苹果】
纳米孔测序系列之基础介绍
纳米孔测序技术
纳米孔测序技术（Oxford Nanopore Technologies, 又称第四代测序技术）是最近几年兴起的新一代测序技术。
目前市场上广泛接受的纳米孔测序平台是Oxford Nanopore Technologies（ONT）公司的MinION，GridION X5 和 PromethION 三款不同类型测序仪。ONT测序的特点是单分子测序，测序读长长，测序速度快，测序数据实时监控，机器方便携带等。
据百迈客公布的不同物种实测数据显示：
基因组: 目前测序平均reads长度在20Kb以上，最长reads的N50高达48kKb左右，而最长reads可达到惊人的1.29M；
转录组: raw data数据量在2.5~4.4Gb，reads数为2.8~3.9M，其中N50在1.5kb左右，平均长度为1.0kb，平均质量值Q7以上。在对其进行质控后，其基因组比对率在85%左右。
研究人员的工作环境
工欲善其事，必先利其器，各行各业都有其不二法宝，科研工作亦当如此，特别是在大数据和信息时代的21世纪，这些看似不起眼的日常却可以使我们的工作事半功倍，这里提供我的工作环境仅做参考；
有参考基因组的RNA-seq详细分析流程
1. 简介
测序技术的普及使得RNA-seq进入寻常百姓家，单纯的qRT数据通量不再满足实验数据的需求，而RNA-seq的分析无非就是有参和无参两种方式；
本文主要就有参转录组的分析做简单介绍；
此外，有参转录组数据分析流程千千万，本文仅是其中一种，详细运行参数请多 -help；